Le fraie est la période de reproduction. Définition d'une frayère : c'est le lieu où se reproduisent les poissons et les batraciens et par extension les mollusques et les crustacés.
C'est donc souvent aussi l'endroit où les femelles déposent leurs œufs afin que les mâles les recouvrent de semence puisque la reproduction chez la plupart de ces animaux est externe.
Les frayères se trouvent souvent sur les fonds sableux ou
sablo-vaseux des rivières, des étangs, des lacs, des marais, des
estuaires, voire des zones marines très profondes.
La reproduction de la Truite fario s’effectue sur des fonds propres avec des substrats de type
petits galets ou graviers. La truite choisit des fonds non colmatés et stables, permettant d’assurer
une bonne circulation de l’eau, indispensable pour une oxygénation parfaite des oeufs, et un
maintien contre les crues. Le choix du site de reproduction et aussi conditionné par la vitesse d’écoulement (préférendum compris entre 40 et 60 cm.s-1) et la hauteur de la lame d’eau (de 5 à 30 cm). De ce fait, la truite a souvent besoin de quitter sa zone de croissance pour venir frayer sur les
ruisseaux situés en têtes de bassins, où elle trouvera des conditions plus favorables. C’est pour cela que ce poisson est qualifié de « migrateur holobiotique ».
L’enfouissement des oeufs comporte plusieurs phases de creusements plus ou moins profonds.
La dimension des matériaux remués dépend de la force de la femelle, transmise par les battements de sa nageoire caudale, et donc de sa taille. La ponte effectuée (environ 2000 oeufs par kg), la durée totale d’incubation et de développement embryonnaire dans la frayère est variable et s’exprime en degrés/jours. Au total, il faut entre 400 et 730 degrés/jours pour que les alevins émergent de la frayère, soit 3 à 4 mois après la ponte.

Dans ces conditions, on comprend que l’accessibilité aux zones de fraie (obstacles à la migration : barrages, ouvrages carrossables, moulins…) ainsi que la teneur en sédiments fins du substrat conditionnent fortement le rendement de la reproduction.